Chương trình đặt mục tiêu đến năm 2025, các hệ sinh thái nước ngọt quan trọng được phục hồi, bảo vệ. Nhằm mục tiêu phục hồi tính nguyên vẹn hệ sinh thái và đa dạng sinh học, tăng cường quản trị tài nguyên nước tại các lưu vực sông trọng điểm của Việt Nam.
Các đơn vị tư vấn và Trung tâm Dự báo Khí tượng Thủy văn Quốc gia phải thường xuyên theo dõi diễn biến mưa lũ, dòng chảy, cung cấp các bản tin dự báo, cảnh báo gửi Ban Chỉ đạo Trung ương về Phòng chống thiên tai và các cơ quan liên quan kịp thời phục vụ công tác chỉ đạo, điều hành liên hồ chứa trên lưu vực sông Hồng.
Hiện nay, hệ thống hồ chứa và hạ tầng phòng chống lũ lưu vực sông Hồng vẫn tồn tại nhiều bất cập liên quan đến các khu phân chậm lũ và khả năng tích trữ.