Chương trình đặt mục tiêu đến năm 2025, các hệ sinh thái nước ngọt quan trọng được phục hồi, bảo vệ. Nhằm mục tiêu phục hồi tính nguyên vẹn hệ sinh thái và đa dạng sinh học, tăng cường quản trị tài nguyên nước tại các lưu vực sông trọng điểm của Việt Nam.
Đồng bằng sông Cửu Long có vị trí quan trọng trong phát triển kinh tế - xã hội của nước ta. Song, bảo vệ, khai thác hợp lý nguồn tài nguyên nước là một vấn đề quan trọng, góp phần phát triển bền vững cho khu vực này.