Mương nước chạy bao quanh CCN Lại Yên nước đen kịt, đặc quánh, dường như không có một loại sinh vật nào sống nổi. Vì chưa có Trạm xử lý nước thải nên các đơn vị, doanh nghiệp đang hoạt động xả thải thẳng ra môi trường.
Ngày 29/01/2021, Bộ TN&MT ban hành Quyết định số 187/QĐ-BTNMT: Phê duyệt Kế hoạch theo dõi tình hình thi hành pháp luật về tài nguyên và môi trường và thi hành pháp luật về xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực tài nguyên và môi trường năm 2021.