Hoạt động của các khu bảo tồn biển đang còn nhiều vướng mắc. Để giải quyết những khó khăn, trong quá trình hoạt động của các khu bảo tồn biển hiện nay, cần nhiều giải pháp căn cơ, đồng bộ.
Để bảo tồn hệ sinh thái biển, trong đó có san hô, cần sự chung tay của tất cả người dân, các tổ chức quốc tế và các doanh nghiệp, kết hợp hoạt động kinh doanh du lịch, dịch vụ gắn với nhiệm vụ bảo vệ các khu bảo tồn biển trên vịnh Nha Trang.
Xây dựng rừng san hô dưới đáy biển tại phía Nam đảo Phú Quốc góp phần tái tạo vẻ đẹp của các rạn san hô, hình thành nên một công viên lung linh dưới đáy biển Hòn Thơm.